Podrobně rozpracovaná komplexní lázeňská léčba v Bardějovských lázních se opírá zejména o balneologické využití alkalickoslaných, železnatých kyselek. Proto patří minerální vody Bardějova mezi nejznámější toho druhu.

Ošetřující lékař pacientům naordinuje lázeňskou léčbu v závislosti na celkovém zdravotním stavu
a stádiu pokročilosti diagnostikovaného onemocnění. Jednotlivé procedury jsou kombinovány
s rozličnými rehabilitačními a relaxačními terapiemi. Patří sem vodoléčebné procedury, minerální vanové koupele, uhličité koupele, relaxační masáže, parafínové zábaly, aerosolová a medikamentózní léčba a také velmi účinná elektroterapie.

Komplexní léčba zahrnuje i léčebnou výživu, založenou na principech dietního systému. Ke zlepšení účinku procedur dopomáhá i rehabilitační tělocvik a vhodně zvolený společenský a kulturní život. Pro pacienty jsou v Bardějovských lázních připraveny i speciální akční pobyty.